Свою историю монастырь ведет с Богородице-Михайлово-Архангельской женской общины, которая появилась по соседству с казачьим поселком Ачаир в конце 1890-х гг. А собственно появление монастыря восходит к 1905 г., когда Иоанн Кронштадтский освятил место под строительство первого храма. Поводом для приезда известного богослова послужило письмо местной купчихи Дарьи Волковой, потерявшей в русско-японской войне сына. В строительстве монастыря принимало участие местное казачество, поступали средства из фонда императора Александра III, а также из фонда по строительству Транссибирской магистрали.

В конце 1920-х гг. монастыри и большая часть храмов были закрыты и разграблены. Не был исключением и Ачаирский Крестовый женский монастырь. На его территории в 1930-е гг. расположилась колония, куда на баржах и подводах свозили политических и уголовных заключенных. Рассчитана была колония на 800 - 900 человек при тяжелейших условиях жизни: неотапливаемые бараки в одну доску, легкая одежда, тонкие байковые одеяла при 40-градусном сибирском морозе. С 1938 по 1953 гг. был совершен только один побег. Через несколько дней после смерти Сталина колония была расформирована. Многие документы сразу уничтожили, монастырь взорвали.

В 1991 г. архиепископ Омский и Тарский Феодосий сообщил о намерении возвести ансамбль Ачаирского Крестового женского монастыря в память о событиях и жертвах того времени. Закладка монастыря проходила с благословения святейшего патриарха Московского и Всея Руси Алексия II. Директор зверосовхоза "Речной", что расположен рядом с поселком Ачаир, Виталий Дмитриевич Мещеряков, выделил 38 га земли под строительство монастыря в память о своем отце, узнике той страшной колонии.

Монастырь строился, меняя ежедневно свой облик. Перед взором каждого, проезжающего по Черлакскому тракту, открывается великолепная картина на золотые купола Успенского собора. Девять глав Успенского собора во имя Животворящего Креста Господня символизируют число Богородицы. Храмом на Крови можно назвать Успенский собор Ачаирского Крестового монастыря. Весь храм расписан в стиле В.М. Васнецова, а алтарную часть занимает копия его хорошо известной картины "Снятие со креста".

Летний деревянный храм во имя Веры, Надежды, Любови и матери их Софии для венчающихся построен в 1998 г.. Для наружных стен, а также внутренней отделки, для резного иконостаса использовались береза, липа, сосна, кедр. Храм также имеет "нижний" престол, куда венчающиеся и гости обязательно спускаются помолиться и зажечь свечи во имя первого омского святого Сильвестра Ольшевского.

Среди посетителей пятикупольной церкви во имя святого великомученика Дмитрия Солунского много юношей и военных. Ведь образ святого Дмитрия Солунского всегда связывали на Руси с воинским подвигом, патриотизмом и защитой Отечества. Сюда приходят те, кто отправляется в зоны военных конфликтов, а матери, жены и невесты спешат поставить свечи за своих близких.

Уже после основания Ачаирского монастыря на его территории был открыт источник минеральной воды. В год 2000-летия Христианства был освящен новый храм Иоанна Крестителя на Водах. Храм построен для крещения и содержит две купели для полного погружения - мужскую и женскую. Внутри храма установлен крест, по которому стекает теплая 37-градусная вода, забираемая из глубины 1168 метров.